延徳年中（1489～92）に、京都 本願寺の八代目 蓮如上人の弟子となった、常陸の国の釈正善が、長門国に下って、大永年間（1521～28）に豊浦郡西市に堂を建てたことに始まるとされています。
　その後、内日、幡生へと移転して、九代目の月印和尚まで相続し、享保17年（1732）に現在地に移転しました。
　幕末には、松下村塾で高杉晋作とともに双璧と言われた、久坂玄瑞が中心となって結成した有志隊が寄宿していました。
　有志隊は、長州に亡命していた公卿中山忠光を総帥に戴き、光明寺を本営としていたことから、「光明寺党」と呼ばれていました。
　文久3年（1863）5月には、この光明寺党が壇之浦砲台に向い、庚申丸からアメリカの商船ペンブローク号に向けて、馬関攘夷戦の第1弾を放ちました（亀山砲台跡参照）。
　後の奇兵隊の核となったのも、この光明寺党でした。






当寺の開基は釈正善。俗名吉本主税之助真増である。常陸の国の住人で結城の人、平重充の孫である。
延徳年中に上杉の兵乱の時分に、関東より泉州堺の善教寺へ趣き、滞在した。
その折り、蓮如上人の門弟となり、御真筆の名号壱幅を下附された。
その後、善教寺にて剃髪し、住職釋正意より法名釋正善を授かる。
このとき、系図一巻、太刀（延国）一腰、善教寺に収める。
善教寺の門徒、防州岩国に有りそのご縁で赴く。以後、旧豊浦郡豊田町上殿敷、菊川町吉賀、内井町音無（おとなし）に滞在する。
大永年中に幡生村にまかりこす。